Đầu năm 1949, do tình hình quân sự thay đổi, tình hình chính trị thúc giục, để đáp ứng yêu cầu đàm phán hòa bình, Tưởng Giới Thạch tuyên bố ngày 21/1 sẽ từ chức, do Phó Tổng thống Lý Tông Nhân đảm nhận chức vụ Quyền Tổng thống. Ngày 5/2 Hành chính viện chuyển về văn phòng Quảng Châu. Nam Kinh chỉ còn lại văn phòng Đại Tổng thống. Ngày 1/4 Trương Trị bay tới Bắc Bình. 9 giờ sáng ngày 5/4 Hội nghị "Hòa đàm" trừ bị khai mạc. Đảng Cộng sản thông qua thương lượng trên cơ sở "Dự thảo Hiệp định hòa bình trong nước".Ngày 15/4 Hội nghị hòa đàm lần thứ 2 khai mạc, Chu Ân Lai sửa đổi một số điều trong hiệp định (là lần sửa đổi cưối cùng) "Hiệp định hòa bình trong nước", Trương Trị phải ký trước 20/4, cho dù bất kể chiến tranh hay hòa bình,quân Giải phóng không vượt quá sông Trường Giang. Tuy nhiên, Đảng Cộng sản cũng quy định thời hạn, Chính phủ THDQ nhận định: "Một số tướng Quốc Dân Đảng cao cấp bị liệt vào tội phạm chiến tranh, và Chính phủ Trung Hoa dân quốc trong mọi khả năng không thể chấp thuận".

Ngày 20/4 Ủy ban thường vụ Trung ương Quốc Dân Đảng Trung Quốc phát biểu tuyên bố lên án Đảng Cộng sản Trung Quốc "Hiệp định hòa bình trong nước" bóp méo sự thật. Ngày 21/4 Chủ tịch Quân ủy Trung ương Đảng Cộng sản Trung Quốc, Chủ tịch Ủy ban Quân sự Cách mạng Nhân dân Trung Quốc Mao Trạch Đông và Tổng Tư lệnh Quân Giải phóng Nhân dân Trung Quốc Chu Đức ban lệnh Tổng tấn công, sau đó quân của Lâm Bưu, Bành Đức Hoài cùng một số đơn vị khác, áp sát Vũ Hán và Tây An. Quân Giải phóng huy động 1 triệu quân vượt sông Trường Giang, chiến dịch "độ giang" (vượt sông) bắt đầu. Ngày 22/4, quân của Lưu Bá Thừa chiếm Vu Hồ. 23/4 chiếm Nam Kinh, tiếp đó Giải phóng quân truy kích tàn quân của Quốc quân. Cùng ngày Quốc quân rút khỏi Nam Kinh, Lý Tông Nhân bay tới Quế Lâm. Lý Tông Nhân nhất quyết không tới Quảng Đông xử lý công việc. Lý Tông Nhân và Bạch Sùng Hy tổ chức phòng tuyến Hoa Nam. Ngày 24/4 thành phố Thái Nguyên bị đánh phá, Quốc quân thất bại thảm hại,nhà cửa bị tàn phá hoàn toàn, người bị thương vong vô số. Cuối tháng 4, Lâm Bưu tiến quân hướng về Vũ Hán.

Ngày 4/5/1949, quân của Trần Nghị vây hãm Hàng Châu. Ngày 8/5 quân của Bành Đức Hoài vây hãm Lan Châu, cùng ngày Lý Tông Nhân tới Quảng Châu, Trưởng quan Quân chính (Bộ trưởng Quốc phòng) Trung Hoa Bạch Sùng Hy dời văn phòng về Hành Dương. Ngày 16/5-17/5 Giải phóng quân tương kế diệu kế chiếm 3 trấn của Vũ Hán. Ngày 20/5 Hồ Tông Nam của Quốc quân rút khỏi Tây An. Các khu vực phía đông Cam Túc hoàn toàn do Giải phóng quân chiếm đóng. Ngày 21/5 quân của Lưu Bá Thừa vây hãm Nam Xương. Quân của Trần Nghị bao vây Thượng Hải. Quân Giải phóng bị thương vong gần 60.000 quân. Tới ngày 27/5 Quốc quân chủ động rút toàn bộ về Chu Sơn, Đài Loan. Giải phóng quân tấn công Thượng Hải, sau cuộc tiến công duyên hải Đông Nam. Cùng ngày, quân Mỹ đồn trú tại Thanh Đảo rút quân toàn bộ.

Ngày 2/6 Quân Giải phóng chiếm Thanh Đảo. Ngày 3/6 Thái Nguyên bị vây hãm,Thanh Đảo mất giá trị quân sự, là thành trì bị cô lập tại Hoa Bắc,phòng thủ không dễ dành. Quốc quân tư động rút lui, toàn bộ quân dân vật tư rút về Đài Loan, Giải phóng quân chiếm được toàn bộ Hoa Bắc. Ngày 16/7 quân của Lâm Bưu chiếm Nghi Xương. Ngày 26/7 chiếm được Chu Châu. Ngày 29/7 chiếm được Thường Đức. Cuối tháng 7 năm 200.000 quân Giải phóng vào Cam Túc.

Ngày 1/8/1949,Chủ tịch Chính phủ Hồ Nam, Tư lệnh binh đoàn số 1 Quốc quân Trần Minh Nhân và Chủ nhiệm văn phòng Trường Sa Trình Tiềm đầu hàng Đảng Cộng sản. Ngày 4/8 Trình Tiềm và Trần Minh Nhân tuyên bố tham gia vào Đảng Cộng sản. Ngày 5/8, Chính phủ ra lệnh cho Hoàng Kiệt làm Chủ tịch Chính phủ Hồ Nam, rút quân khỏi Trường Sa tập trung quân tại Hành Dương và vùng phụ cận. Ngày 16/8 Đệ nhị quân dã chiến chiếm Cống Châu. Ngày 17/8 Giải phóng quân do Trần Nghị chỉ huy bao vây Phúc Châu. Chính phủ Trung Hoa dân quốc ra lệnh cho Thang Ân Bá làm chủ trì quân chính Phúc Kiến, Thang ra lệnh cho quân chủ lực tập trung tại Hạ Môn. Ngày 24/8 Tưởng Giới Thạch bay tới Trùng Khánh, chủ trì Hội nghị nhân viên quân chính Tây Nam.

Ngày 2/9/1949 Giải phóng quân chiếm Tây Ninh. Tháng 9, Giải phóng quân mở chiến dịch Hành Bảo (diễn ra tại Hành Dương và Bảo Khánh), chiến dịch Quảng Tây tiêu diệt được quân chủ lực của Bạch Sùng Hy. Ngày 20/9 Giải phóng quân chia làm 3 tấn công Hạ Môn,thương vong vô số.Ngày 21/9 Chủ tịch Chính phủ Tuy Viễn Đổng Kì Võ ra thông điệp đầu hàng Đảng Cộng sản.Ngày 25-26/9 Tổng tư lệnh Cảnh bị Tân Cương Đào Trĩ Nhạc và Chủ tịch Chính phủ Tân Cương Bào Nhĩ Hán tiếp nhận đề xuất 8 điều kiện hòa bình của Đảng Cộng sản,tướng lĩnh và binh sĩ hơn 70.000 tại Địch Hoa đồng ý về với Đảng Cộng sản, Tân Cương thuộc về Đảng Cộng sản mà không tốn 1 viên đạn. Ngày 28/9 Đệ nhất quân dã chiến chiếm Ngân Xuyên. Đệ nhất quân dã chiến chiếm được 4 tỉnh Thiểm Tây, Cam Túc, Liêu Ninh, Thanh Hải.

Ngày 5/10/1949, quân Giải phóng chiếm Thiều Quan. Ngày 8/10 chiếm Hành Dương. Ngày 12/10 Chính phủ Trung Hoa dân quốc tuyên bố rời Chính phủ về Trùng Khánh, Chính phủ Quảng Đông chuyển tới đảo Hải Nam. Ngày 13/10 rút khỏi Quảng Châu, đến tháng 10 quân Giải phóng chiếm Quảng Đông. Ngày 17/10 Quốc quân rút khỏi Hạ Môn, tập trung quân cố thủ Kim Môn. Trần Nghị đưa hải quân chiếm Hạ Môn.

Ngày 23/10, Giải phóng quân phát lệnh tác chiến tiến quân Tứ Xuyên, Quý Châu. Ngày 25/10 Binh đoàn số 10 Giải phóng quân chuẩn bị tấn công Kim Môn, quân số lên tới 20.000 quân, khi đó Lý Lương Vinh chỉ huy binh đoàn 22 dã chiến phòng thủ gồm 20.000 quân.

Ngày 1/11/1949, Giải phóng quân triển khai chiến dịch Tây Nam, từ Hồ Bắc Hồ Nam tiến quân về phía Tây Nam. Cùng ngày Lý Tông Nhân thấy tình hình xấu đi, bay từ Trùng Khánh về Côn Minh. Ngày 3/11 Đệ tam quân dã chiến đổ bộ lên Quần đảo Chu Sơn, Chiết Giang nhưng chiến dịch đổ bộ lên đảo thất bại, Quốc quân giành thắng lợi trụ vững trên đảo. Ngày 14/11 Tưởng Giới Thạch từ Đài Loan bay tới Trùng Khánh, trở lại Chính phủ. Cùng ngày,quân Giải phóng chiếm Quế Lâm. Ngày 15/11 chiếm Quý Dương. Ngày 20/11 Lý Tông Nhân dời khỏi Hồng Kông. Ngày 30/11 Giải phóng quân tấn công Trùng Khánh. Cùng ngày, Giải phóng quân chiếm Nam Ninh. Chính phủ Trung Hoa dân quốc rời về Thành Đô. Bạch Sùng Hy dời trụ sở về Hải Khẩu. Hoàng Kiệt dẫn đầu quân rút vào Việt Nam.

Ngày 7/12 Chính phủ Trung Hoa dân quốc quyết định chuyển về Đài Bắc, Đài Loan, thiết lập căn cứ tại Tây Xương, đặt Bộ Tư lệnh tại Thành Đô. Ngày 10/12 Chủ tịch Chính phủ Tứ Xuyên Lưu Văn Huy, Đặng Tích Hầu, Chủ tịch Chính phủ Vân Nam Lư Hán công khai đầu hàng Đảng Cộng sản tại Bành Huyện, Côn Minh. Giải phóng quân tiến vào Vân Nam, Tứ Xuyên một cách hòa bình. Ngày 16/12, Giải phóng quân chiếm lĩnh Lạc Sơn phía nam Tứ Xuyên. Ngày 18/12 chiếm lĩnh Kiếm Các. Lưu Văn Huy chiếm lĩnh Nhã An chặn đường rút của Quốc quân,Thành Đô bị bao vây lo lắng, ngày 26/12 Quốc quân rút quân. Hồ Tông Nam chuyển trụ sở về Tây Xương tiếp tục chiến đấu. Ngày 27/12 Quân Giải phóng chiếm được Thành Đô, chiến dịch Tây Nam kết thúc, Giải phóng quân tiêu diệt được hơn 900.000 Quốc quân, Chính phủ Trung Hoa dân quốc tại đại lục và tập đoàn quân chủ lực chính thức bị tiêu diệt. Ngày 28/12, sau chiến dịch Tân Độ Khẩu, Sư đoàn 181 quân Giải phóng từ Phù Giang chiếm Tam Đài, ngay lập tức chiếm Miên Dương.

Ngày 27/3/1950, Giải phóng quân tiến vào Tây Xương, sau 4 tháng chiến dịch Tây Xương kết thúc. Ngày 5/3 Đệ tứ quân dã chiến bắt đầu chiến dịch Hải Nam, bằng thuyền gỗ quân Giải phóng vượt eo Quỳnh Châu đổ bộ lên Hải Nam, tới 1/5 chiếm được đảo Hải Nam. Sau khi đổ bộ lên đảo các chiến dịch quy mô lớn gần như kết thúc. Trong gần 4 năm Quân Giải phóng đã tiêu diệt được hơn 8 triêu quân Quốc quân, giành thắng lợi hoàn toàn.

Hồng quân Trung Hoa chiếm được Bắc Kinh, kinh đô biểu tượng của phong kiến Trung Hoa, và tổ chức duyệt binh. Một nhà quan sát người Mỹ tại đó nhận ra phần lớn các thiết bị quân sự hạng nặng trong cuộc duyệt binh như xe tăng, xe jeep... là các vũ khí cũ do Mỹ sản xuất trong Đệ nhị thế chiến. Đây là những vũ khí cũ mà trước đó người Mỹ viện trợ cho quân đội Tưởng Giới Thạch trong Đệ nhị thế chiến và chiến tranh Trung - Nhật để chống lại phát xít Nhật, và khi rút chạy Quốc quân đã vứt bỏ lại và các vũ khí này trở thành chiến lợi phẩm của Hồng quân Trung Quốc.

Từ 6/10-24/10/1950, Quân Giải phóng phát động chiến dịch Qamdo. Giải phóng quân Hạ Long, Bành Đức Hoài, Trần Canh chia quân từ Tây Khang, Thanh Hải, Vân Nam tiến vào Tây Tạng. Ngày 19/10 chiếm được trung tâm chính trị kinh tế Qamdo phía Đông Tây Tạng, tiêu diệt được hơn chục nghìn quân Tây Tạng. Giải phóng quân mở rộng đường tiến vào Tây Tạng.

Tháng 2/1951, Tây Tạng cử Ngapoi Ngawang Jigme làm đoàn đại biểu tới Bắc Kinh cùng Lý Duy Hán đại diện Chính phủ Nhân dân Trung ương đàm phán. Ngày 23/5/1951 Đoàn đại biểu tại Bắc Kinh đã ký "Hiệp ước thông báo biện pháp giải phóng hòa bình Tây Tạng giữa Chính phủ Nhân dân Trung ương và Chính phủ địa phương Tây Tạng". Ngày 1/12 Giải phóng quân do Trương Quốc Hoa, Phạm Minh tham gia lực lượng tại Lhasa, tới tháng 2 chiếm Gyangzê và Xigazê. Đảng Cộng sản tuyên bố giải phóng hòa bình Tây Tạng. Cho tới nay, Đảng Cộng sản Trung Quốc chiếm được toàn bộ Trung Quốc đại lục, trừ Đài Loan.